Kommuneoverlegen har også ansvar for smittevern og miljøretta helsevern.

Smittevernlova gir kommunen mange oppgåver innan førebygging og handtering av smittsame sjukdomar. Det er kommuneoverlegen som har det overordna ansvaret for at smittevernlova vert følgd opp. 

Varsling av smitte

Ved utbrot av smittsame sjukdomar i barnehagar og institusjonar skal den tilsette som oppdagar smitteutbrotet snarast mogleg kontakte kommuneoverlegen. Kommuneoverlegen varslar vidare til aktuelle instansar som legevakt, fastlegar, mattilsynet, fylkeslegen og folkehelseinstituttet.

Kommuneoverlegen vurderer om situasjonen er slik at befolkninga skal varslast.